أصدر ديوان المحاسبة تقريره السنوي لسنة 2019، أكد فيه وجود خلل في البنية الهيكلية لقطاع النفط في شكله الحالي، مشيرا إلى التنازل عن حصة المؤسسة الوطنية للنفط في شركة مارثون بالمخالفات للإجراءات التنظيمية والقانونية الواجب اتخاذها وضياع فرصة استثمارية كان بالإمكان تحقيقها من خلال الاستحواذ على تلك الفرصة.
كما أشار الديوان على فتح فرع للمؤسسة في مدينة هيوستن الأمريكية دون الرجوع للجهات ذات الاختصاص معتبرا أن هذه القرارات استراتيجية وكان من المفترض أن تصدر عن الحكومة وفقا للتشريعات النافذة ومنها قانون انشاء المؤسسة بالإضافة لما له من أبعاد اقتصادية وسياسية.
كما أشار الديوان إلى غياب الشفافية في تكليف أو إعادة أعضاء هيئات المراقبة بالشركات التابعة للمؤسسة والتي يكون بينها تعارض في المصالح منهم من يكون مرتبطا مع الشركة نفسها أو شركات أخرى خاضعة لإشرافها بعلاقة عمل مستمرة، بالإضافة إلى وجود قصور في إدارة الموارد المالية ما يحول دون الاستفادة من مخرجات النظام المالي في اتخاذ القرارات ورسم السياسات.
كما كشف الديوان عن التأخر في اعداد الميزانيات العمومية واحالتها لديوان المحاسبة للفحص والمراجعة، مؤكدا أن آخر ميزانية معتمدة من الديوان كانت عن السنة المالية 2017.
وأشار الديوان في تقريره إلى تعمد بعض الشركات صرف فائض حوالات المرتبات في شكل مكافات وعمل إضافي مقابل تعيينات وعقود عمل جديدة استحدثت بالمخالفة في ظل عدم وجود ملاك وظيفي معتمد، مشيرا إلى أن المؤسسة تستخدم الإيرادات السيادية في شراء المحروقات دون ايداعها بالحساب السيادي رغم انه يتم تخصيص مبلغ بالميزانية لشراء المحروقات.